Empresa líder en el desarrollo y comercialización de sistemas de microarreglos, Affymetrix es una compañía estadounidense que cuenta con un sistema integral que permite el procesamiento y el análisis de microarreglos para la genotipificación y el análisis de expresión de genes. Dentro de las aplicaciones de los microarreglos podemos mencionar: Detección de variaciones en el número de copias (CNV´s), pérdida de heterocigocidad (LOH), splicing alternativo, identificación de regiones promotoras y mapeo de transcritos
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